保存種子的種質基因庫又叫種子庫，其保存條件涉及種子生理代謝的各種條件，可保存的時間長短依種類不同而異，一般保存在5℃
或更低溫度條件下，或保存含水量為5%～7%的種子于密閉容器中，或保存種子于相對濕度低于20%的條件下，亦可將種子保存在液態氮中(-196℃)。有生命活力的種子都要進行生理代謝，所以種子的保存時間還是有限的，需要定期進行檢測，當種子的發芽率低于20%時，就需要更新種子。
那些難以得到種子或種子不易保存的種類，一般以培養組織在低溫(-2℃)的條件下進行長期保存。但長期繼代培養的組織會產生染色體裂變而導致遺傳基因的不穩定性，若將培養組織保存在液態氮(-196℃)中，則能保持其遺傳穩定性。
現代還可以從植物體中分離出DNA或DNA片斷進行DNA的長期保存。此外，還可以在一定條件下保存花粉和一些營養器官。
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